بدأ يظهر إسم الواحات البحرية بعد سقوط الأسرة الثالثة عشر وبداية حكم الهكسوس وقد عرفت  بإسم زس زس ومع بداية الأسرة 26 دخلت الواحات البحرية أعظم فترات تاريخها ومعظم آثارها ترجع إلى عصر هذه الاسرة .

1.      منطقة القصر وأهم الاماكن بها  :

·         منطقة عين المفتلا

هي هضبة رملية مرتفعة في قرية القصر تطل على مناطق زراعية محاطة بمجموعة من الجبال والهضاب وتوجد بها اربع معابد كلاً منها مستقل عن الآخر ، كما يوجد  بها معبد يرجع للعصر الصاوى الأسرة 26  

·         منطقة قارة حلوة

بها مقبرة أول حاكم للواحات البحرية أمنحوتب حوى والمقبرة منقوشة وملونة ويرجع تاريخها إلى الأسرة 18 والنصف الأول من الأسرة 19.

·         منطقة التبــيــنــية

بها معبد الأسكندر الأكبر وهو ثاني معبد يشيده فى الصحراء الغربية ومناطق المارون والدست والمغرفة وهى من أهم المناطق الجبلية ذات الطابع الفريد.

·         المعبد العظيم بمنطقة القصر

شيد على مساحة كبيرة من الحجر الرملي الجيري من عصر الأسرة 26 فى عهد الملك إبريس وأحمس الثانى.

2.      مدينة الباويطى

وهى العاصمة الحالية للواحات وأهم الأماكن الأثرية بها:

·         منطقة يوسف سليم

يوجد بها ست من المقابر المنقوشة والملونة.

·         منطقة الفروج

يوجد بها أضخم مقبرة ترجع للعصر البطلمي مخصصة لدفن الطائر أبيس.

·         منطقة الشيخ سوبى

يوجد بها ست من المقابر المنقوشة والملونة.

3.      المنطقة الأثرية بالحيز

توجد بها مجموعة من الكنائس والقصور والمقابر وجبانات ترجع إلى العصر المتأخر والعصر الروماني.

4.      قرى الزبو ومنديشة والحارة والقبالة والعجوز

وتمتاز هذه القرى بوجود تلال صخرية رملية فى أجزاء كثيرة كما أنها اعتمدت فى العهدين القديم والحديث على الزراعة التي تقوم على المياه الجوفية .

ومعظم أثارها حول المناطق الزراعية والعيون القديمة والاثار الرومانية.

5.      مقبرة باننتيو

هى مقبرة فرعونية تم اكتشافها عام 1938 وترجع إلى عصر الأسرة 26 وترجع الأهمية التاريخية لهذه المقبرة إلى معرفة الأسلوب المستعمل فى طريقة الرسوم والنقوش والخطوط الفرعونية والألوان.

6.      مقبرة وادى المومياوات الذهبية

تم العثور على عدد هائل من المومياوات الذهبية يقدر بحوالي عشرة آلاف مومياء ذهبية وأغلب هـذه المومياوات ذات أقنعة وصدور مذهبة ومزخرفة بالنقوش الهيروغليفية والرسومات الدينية .

وقد أكتشفها عالم المصريات د. زاهى حواس عام 2000 م .

7.      مقبرة حاكم الواحات ( جد خنسويوف عنخ )

من الأسرة 26 العصر الفرعوني وتوجد داخل مدينة الباويطي بمنطقة ( الشيخ سوبي ) ، وكشف بجوارها عن العديد من التوابيت الحجرية إلى جانب القطع الأثرية والتماثيل المعروفة بأسم (الاوشابتي)

كما يوجد بالواحات البحرية:

مقبرة أيبـس المقدس

هي جبانة من العصر البطلمي للطائر أيبـس وتقع على هضبة الفروج ، تحتوى على مجموعة من الحيوانات المقدسة التي كانت تقدم كقرابين محنطة للآلهه .

كنيسة سان جورج  

تقع في منطقة الحيز على بعد حوالي 40 كم بنيت ما بين القرنين الرابع والخامس الميلادي ويعتقد أن هذه الكنيسة بها رفات جسد بدون رأس يدعى أنه أحد حواري السيد المسيح .

دير الرأس

يقع في منطقة الحيز على مسافة   1 / 2  كم جنوباً من كنيسة سان جورج .

معبد الإسكندر الأكبر

يقع شمال شرق القصر وترجع أهميته إلى أنه المكان الوحيد الذى تواجدت به خرطوشة بأسم الأسكندر الأكبر، وقد أمر الأسكندر الأكبر ببناءه وكرسه للمعبودين حورس وآمون خلال مروره بالواحات البحرية فى طريقه إلى واحة سيوة.